《马关条约》允许日本在通商口岸开设工厂，反映了帝国主义侵略进入以资本输出为主的新阶段。B项“大大加深”是《马关条约》的整体影响，但题目问的是“开设工厂”这一具体条款的影响，A项更精准对应这一条款的经济实质。C项表述不准确，虽然外资企业有优势，但同时也刺激了中国民族工业的产生和发展（尽管面临竞争）。D项是《辛丑条约》的影响。